L’UMR Dynafor recrute un doctorant ou une doctorante en écologie. Ce projet de thèse aura pour objectif d'évaluer comment le contexte paysager et les pratiques locales de restauration influencent les communautés aériennes et souterraines, leurs interactions, et des fonctions écosystémiques clés dans des prairies restaurées depuis 2 à 18 ans et des prairies anciennes de plus de 40 ans.
Identifier et comprendre les facteurs liés à la composition et à la configuration du paysage et aux pratiques de restauration qui influencent la dispersion d’organismes clés (flore vasculaire, champignons, et vers de terre) permettra de mieux appréhender comment ces facteurs conditionnent la diversité et la fonctionnalité des prairies restaurées.
Les connaissances produites contribueront à guider les décisions des praticiens et gestionnaires pour la restauration et la gestion des prairies mésophiles de fauche.
La thèse s’inscrit dans le projet RESPIR (Restauration Écologique des Systèmes Prairiaux et IntéRactions plante-sol), dont l’objectif est d’évaluer l’influence des facteurs paysagers en interactions avec les facteurs locaux (dont les pratiques agricoles) sur la dynamique de restauration écologique de prairies situées dans le sud-ouest de la France. Ce projet, récemment accepté par l'OFB, porté par des chercheuses de l’UMR DYNAFOR basées à l'école d'ingénieurs de Purpan s’appuie sur un partenariat étroit avec des agriculteurs du territoire engagés dans la gestion de prairies diversifiées conciliant production agricole et biodiversité.
Basé à l’école d’ingénieurs de Purpan, le projet de thèse se déroulera au sein de l’UMR DYNAFOR (Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers). La personne recrutée en thèse sera encadrée par Manon Hess et Léa Beaumelle (enseignantes-chercheuses en écologie à Purpan, expertes en écologie végétale et écologie du sol, respectivement) et Clélia Sirami (directrice de recherche INRAE, experte en écologie du paysage). Des réunions régulières de suivi seront organisées pour accompagner le travail de la personne recrutée, ainsi que des comités de suivi annuels avec des chercheurs et chercheuses extérieurs au projet.
L’UMR DYNAFOR offre un cadre de travail dynamique (séminaires scientifiques hebdomadaires, réseau de non-permanents au sein du laboratoire). Le projet repose aussi sur des collaborations avec des partenaires non-académiques, en particulier avec le Conservatoire Botanique National des Pyrénées et de Midi-Pyrénées (CBNPMP), l’ADASEA du Gers, mais aussi les agriculteurs et parties prenantes (Office Français de la Biodiversité).)
Dates prévues : du 1er octobre 2026 au 31 septembre 2029
Contact et candidature:
Le projet de thèse est financé par l’OFB et l’Ecole d’ingénieurs de Purpan (salaire et fonctionnement) pour une durée de trois ans. Le recrutement passe par un dossier de candidature puis un entretien.
Envoyez votre dossier de candidature par mail à lea.beaumelle[at]purpan.fr et manon.hess[at]purpan.fr comportant CV, lettre de motivation, contacts d’une ou plusieurs références et dernier rapport de stage.
Les auditions se dérouleront au fil de l’eau (courant mai), si possible en présentiel. Pour toute précision, contactez Léa Beaumelle par email.
Pour en savoir plus sur l'offre de thèse:
Luc Barbaro est co-auteur d'un nouveau datapaper publié par David Funosas (qu'il co-encadre en thèse avec José Montoya et Maxime Cauchoix de la SETE Station d’Écologie Théorique et Expérimentale de Moulis, France) et qui est paru dans la revue Scientific Data sur un jeu de données bioacoustiques sur les orthoptères et les cicadidés européens avec des niveaux variables de qualité d'annotations. Cet ensemble de données complète les ressources en ligne existantes et soutient les progrès de la classification acoustique automatisée des orthoptères et des cigales, contribuant ainsi aux efforts de surveillance de la biodiversité à travers l'Europe.
Funosas, D.; Massol, E.; Bas, Y.; Schmidt, S.; Bennett, D.; Arend, D.; Gebhard, A.; Barbaro, L.; (...); Barataud, J.; Cauchoix, M. (2026). A finely annotated dataset for the automated acoustic identification of European Orthoptera and Cicadidae. Scientific Data. https://doi.org/10.1038/s41597-026-07150-1
Abstract:
Recent evidence suggests widespread declines in insect abundance and diversityacross European terrestrial ecosystems, highlighting an urgent need for effectivelarge-scale monitoring methods. Passive acoustic monitoring enables themonitoring of sound-producing insects at an unprecedented temporal and spatialscale by remotely capturing sounds such as orthopteran stridulations and cicadatimbalizations. However, current automated recognition tools for European insectsounds remain limited, and developing algorithms capable of reliably identifyingdiverse species requires large, ecologically heterogeneous acoustic datasets. Here we present a dataset of 11,224 recordings covering 193 orthopteran and 24cicada species from North, Central, and temperate Western Europe. It combinescoarsely labeled recordings, for which we can only infer the presence, at somepoint, of their target species (weak labeling), with finely annotated recordings thatspecify the time and frequency range of each insect sound (strong labeling). Thisdataset complements existing online resources and supports the advancement ofautomated acoustic classification for orthopterans and cicadas, aiding biodiversitymonitoring efforts across Europe.
Résumé:
Des données récentes indiquent un déclin généralisé de l'abondance et de la diversité des insectes dans les écosystèmes terrestres européens, soulignant le besoin urgent de méthodes de surveillance efficaces à grande échelle. La surveillance acoustique passive permet de suivre les insectes émettant des sons à une échelle temporelle et spatiale sans précédent, en captant à distance des sons tels que les stridulations des orthoptères et les timbalisations des cigales. Cependant, les outils actuels de reconnaissance automatisée des sons d'insectes européens restent limités, et le développement d'algorithmes capables d'identifier de manière fiable des espèces diverses nécessite des ensembles de données acoustiques volumineux et écologiquement hétérogènes. Nous présentons ici un ensemble de données comprenant 11 224 enregistrements couvrant 193 espèces d'orthoptères et 24 espèces de cigales provenant d'Europe du Nord, d'Europe centrale et d'Europe occidentale tempérée. Il combine des enregistrements grossièrement étiquetés, pour lesquels nous ne pouvons que déduire la présence, à un moment donné, de l'espèce cible (étiquetage faible), avec des enregistrements finement annotés qui précisent l'heure et la gamme de fréquences de chaque son d'insecte (étiquetage fort). Cet ensemble de données complète les ressources en ligne existantes et soutient les progrès de la classification acoustique automatisée des orthoptères et des cigales, contribuant ainsi aux efforts de surveillance de la biodiversité à travers l'Europe.
Pierre Cottais, Fabien Laroche et Laurent Larrieu viennent de publier dans le journal Peer Community Journal, créé et financé par l'association à but non lucratif et non commerciale Peer Community In (PCI), un article sur les connaissances a priori qui contribuent à quantifier la fréquence d'occurrence d'un dendromicrohabitat rare dans une forêt gérée. Ces résultats sont acquis en forêt de Grésigne (Tarn) dans le cadre de l'ANR JCJC BloBiForM (ANR-19-CE32-0002).
Cottais P., Courbaud B., Larrieu L., Gouix N., Laroche F. (2026) Informative priors contribute to quantifying the occurrence rate of a rare tree-related microhabitat in a managed forest, Peer Community Journal, 6: e33. https://doi.org/10.24072/pcjournal.697
Abstract:
Tree-related microhabitats (TreMs) are key features for forest biodiversity, and knowing their accumulation rate is essential to design integrative management strategies. Many types of TreMs are associated to large old trees and showslowontogenical processes. The rarity of such TreMs (particularly in intensively managed forests) hinder the estimation of their occurrence rate along tree growth. Here, we used a continental meta-analysis on TreMs occurrence rate along tree growth to build informative priors for a model of trunkbase rot-hole occurrence on oaks within the Grésigne forest, France — a context where stand management and tree DBH were confounded. We explored whether the use of informative priors could improve the identifiability, the precision of estimates and the predictive abilities of the model.Without prior information, the low variance of tree DBH within management modalities rendered the model poorly identifiable and prevented the detection of an effect of tree DBH per se across the range of explored tree DBH. By contrast, using informative priors contributed to improve the precision of estimates and lead to detecting a positive effect of tree DBH per se. Informative priors did not degrade the model fit and clearly improved predictive abilities on new stands. In particular, while the model without prior information did not predict the occurrence of trunk-base rotholes significantly better than a purely random guess, the model with informative priors did. Irrespective of the prior used, models suggested that the high recruitment of trunkbase rot-holes in Grésigne may be a temporary management effect in stands undergoing conversion from coppice-with-standards to high forest through sprout thinning, which will lead to conservation issues for cavicolous saproxylic species when all conversions are complete. Because using informative priors was simple and beneficial in our study, it should be further explored in other local applied contexts to orientate forest management.
Résumé:
Le constat à l’origine de l’étude: Il est crucial de connaître le taux d’accumulation des dendromicrohabitats (dmh) sur les arbres pour concevoir des stratégies de gestion intégrative. De nombreux dmh sont associés à de gros et vieux arbres car ils relèvent de processus ontogéniques lents. La rareté de ces dmh, en particulier dans les forêts gérées de manière intensive, rend complexe l’estimation de leur taux d’occurrence tout au long de la croissance des arbres.
L’étude: A partir du travail de modélisation de Courbaud et al. publié en 2022 (lois d’apparition pour 11 groupes de dmh sur 19 essences), on a étudié la dynamique des cavités à terreau de pied portées par les chênes dans la forêt domaniale de la Grésigne, sur une gamme de modalités de gestion et de diamètres à 1,3m. Via une approche statistique bayésienne, on a cherché à déterminer si l’utilisation de « priors » informatifs (i.e. des connaissances a priori sur les gammes de valeurs des paramètres plausibles, issues d'observations d'un grand nombre d'arbres à l'échelle internationale) pouvait améliorer la précision des estimations et les capacités prédictives du modèle.
Principaux résultats:
• l’utilisation de priors informatifs a contribué à améliorer la précision des estimations et a permis de détecter le lien positif attendu entre présence de cavité et diamètre de l'arbre dans un contexte de faible variance du diamètre au sein des modalités de gestion
• les priors informatifs n’ont pas dégradé l’ajustement du modèle et ont clairement amélioré les capacités prédictives sur de nouveaux peuplements
• les modèles suggèrent que le taux de recrutement assez fort de cavités à terreau de pied observé en Grésigne pourrait être un effet temporaire lié à la conversion de taillis-sous-futaie en futaie, ce qui peut poser des problèmes de conservation pour les espèces liées à ce dmh (plusieurs centaines d’espèces) une fois la conversion achevée sur l’ensemble de la forêt
Conclusion
• L'utilisation de priors informatifs s'est révélée simple et bénéfique ; elle devrait donc être approfondie dans d'autres contextes locaux d'application
