L'organisation des recherches à Dynafor est structurée selon 3 axes thématiques qui visent à favoriser l'intégration des résultats scientifiques obtenus dans les projets de recherche. Les membres de Dynafor contribuent volontairement aux activités des axes en fonction de leurs centres d'intérêts. Les axes ne sont pas des équipes cloisonnées, ils traitent essentiellement des questions et de stratégie scientifiques, et pas des aspects pratiques de la recherche abordés dans le conseil d'UMR et au sein des différents projets de recherche. Plusieurs groupes d'appuis à la recherche ont été identifiés pour coordonner les activités des personnels concernés.

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