A spatially-explicit database of tree-related microhabitats in Europe and beyond

Un data paper intitulé « A spatially-explicit database of tree-related microhabitats in Europe and beyond » que nous venons de publier dans le journal Biodiversity Data Journal ; Il s’agit de porter à connaissance la base de données dendromicrohabitats qui rassemble les observations réalisées sur le réseau de martelocopes européen (mais qui dépasse de plus en plus les frontières de l’Europe : Chili, Iran, etc.) piloté par European Forest Institute.

Le réseau étant dynamique et les temps de publication parfois un peu lents, seuls 111 plots ont été intégrés dans ce data paper et la base GBIFF associée, alors que le réseau comprend à ce jour 184 marteloscopes, mais il est prévu de faire des mises à jour périodiques de la base.


Zudin S, Heintz W, Kraus D, Krumm F, Larrieu L, Schuck A (2022) A spatially-explicit database of tree-related microhabitats in Europe and beyond. Biodiversity Data Journal 10: e91385.https://doi.org/10.3897/BDJ.10.e91385




Absract: Tree to tree interactions are important structuring mechanisms for forest community dynamics. Forest management takes advantage of competition effects on tree growth by removing or retaining trees to achieve management goals. Both competition and silviculture have, thus, a strong effect on density and distribution of tree related microhabitats which are key features for forest taxa at the stand scale. In particular, spatially-explicit data to understand patterns and mechanisms of tree-related microhabitats formation in forest stands are rare. To train and eventually improve decision-making capacities related to the integration of biodiversity aspects into forest management plot of one hectare, so called marteloscopes were established in the frame of the ‘European Integrate Network’. In each plot, a set of data is collected at the individual tree level and stored in a database, the ‘I+ repository’. The 'I+ repository' is a centralised online database which serves for maintaining the data of all marteloscope plots. A subset of this repository was made publicly available via the Global Biodiversity Information Facility, based on a data-sharing policy. Data included are tree location in plot, tree species, forest mensuration data (diameter at breast height [cm], tree height [m]), tree status (living or standing dead) and tree-related microhabitats. Further, a visual assessment of timber quality classes is performed in order to provide an estimate of the economic value (market price) for each tree. This information is not part of the GBIF dataset.

Currently 42,078 individual tree observations from 111 plots are made available via the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). As the network of plots continues to expand, so does the database of tree-related microhabitats. Therefore, the database will undergo a regular update. The current version has a temporal coverage from March 2014 to December 2020. The innovation of this unique dataset is that it is based on a commonly agreed catalogue of tree microhabitats as a field reference list when assessing assessment protocol. The reference list is available in 17 languages and, thus, helps to guarantee compatibility of tree-related microhabitat assessments across countries and plots.


Résumé: Les interactions entre arbres sont des mécanismes structurants importants pour la dynamique des communautés forestières. La gestion forestière tire parti des effets de la concurrence sur la croissance des arbres en supprimant ou en conservant des arbres pour atteindre les objectifs de gestion. La concurrence et la sylviculture ont donc un effet important sur la densité et la distribution des dendromicrohabitats, qui sont des éléments essentiels pour les taxons forestiers à l'échelle du peuplement. En particulier, les données spatialement explicites permettant de comprendre les patrons et les mécanismes de formation des dendromicrohabitats dans les peuplements forestiers sont rares. Afin de former et d'améliorer les capacités de prise de décision d'intégration de la biodiversité dans la gestion forestière, des parcelles d'un hectare, appelées « marteloscopes », ont été mis en place dans le cadre du "European Integrate Network". Dans chacune de ces parcelle, un ensemble de données est collecté pour chaque arbre et stocké dans une base de données, « l’archive I+". L’archive I+ est une base de données centralisée en ligne qui sert à sauvegarder les données de tous les marteloscopes. Un sous-ensemble de cette base de données a été rendue publique via le Fond mondial d'information sur la biodiversité GBIF, sur la base d'une politique de partage des données. Les données disponibles sont l'emplacement de l'arbre dans la parcelle, l'essence, les données dendrométriques (diamètre à hauteur de poitrine [cm], hauteur de l'arbre [m]), le statut de l'arbre (vivant ou mort sur pied) et les dendromicrohabitats. De plus, une évaluation visuelle des classes de qualité du bois est effectuée afin de fournir une estimation de la valeur économique (prix du marché) de chaque arbre. Cette information ne fait pas partie du sous-ensemble de données déposé au GBIF.

Actuellement, 42 078 observations individuelles d'arbres provenant de 111 marteloscopes sont disponibles via le GBIF. Le réseau de placettes continue de s'étendre, et donc la base de données des dendromicrohabitats. Par conséquent, la base de données sera régulièrement mise à jour. La version actuelle a une couverture temporelle allant de mars 2014 à décembre 2020. L'innovation de cet ensemble de données unique est qu'il est basé sur un catalogue consensuel de dendromicrohabitats qui sert de liste de référence sur le terrain lors de la mise en œuvre du protocole d'évaluation. La liste de référence est disponible en 17 langues et permet ainsi de garantir la compatibilité des évaluations des dendromicrohabitats réalisées dans les différents pays et marteloscopes.



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