DNA Barcoding et metabarcoding : description des méthodes et application à l’étude des réseaux de po

Par Magalie Pichon (UMR Dynafor).

C’est en 2003 qu’Hebert et al., a décrit le DNA barcoding comme un outil de taxonomie moléculaire. La méthode est basée sur l’utilisation d’un fragment ciblé d’ADN génomique d’environ 100 à 500 paires de bases, le code barre-ADN, dont la variabilité nucléotidique forme une combinaison unique pour chaque espèce. Chaque code barre-ADN ou étiquette moléculaire associé à une espèce est stockée et répertoriée dans une base de référence. Couplée au barcoding, la méthode de metabarcoding s’est ensuite développée avec l’arrivée des séquenceurs de nouvelles générations (Next Generation Sequencing). Elle permet d’identifier simultanément, l’ensemble des espèces contenu dans un échantillon provenant de sols, d’eau ou encore un ensemble d’invertébrés non triés capturés dans un piège. L’utilisation de ces outils moléculaires pour l’étude des réseaux de pollinisation est particulièrement attractive pour déployer des études spatio-temporelles haut débit des interactions plantes/pollinisateurs. Elles permettent en effet de compléter les méthodes traditionnelles souvent longues et couteuses à mettre en œuvre. Pour démarrer ce projet, notre premier objectif a été de construire 2 bases de code barre-ADN de référence. Une pour les insectes pollinisateurs et la seconde pour les plantes inventoriées dans les parcelles de la zone atelier PYGAR. L’ADN a été extrait à partir des pattes de 136 espèces d’abeilles sauvages et 355 espèces de syrphes puis amplifiés par PCR avec les amorces du gène cible 16S. Les fragments amplifiés seront séquencés sur la plateforme GetPlage. Pour les plantes, nous avons retenus les espèces présentes dans les haies, lisières, prairies et cultures. La collecte a commencé et se poursuivra au printemps 2020. C’est un total d’environ 450 plantes qui seront barcodées.