CODABEILLES: a reliable reference library of COI DNA barcodes for French wild bees monitoring (Apoidea: Anthophila)

Mélodie Ollivier, Anaïs Marquisseau, Magalie Pichon, Emilie Andrieu et Annie Ouin du laboratoire Dynafor sont co-autrices d'un article intitulé "CODABEILLES: a reliable reference library of COI DNA barcodes for French wild bees monitoring (Apoidea: Anthophila)" publié dans la revue scientifique en libre accès BMC Ecology and Evolution. Le projet CODABEILLES vise à améliorer les données de barcodes de référence pour la faune apicole française.

Ollivier M., Marquisseau, A., Éric Dufrêne, Rémi Rudelle, (...), Pichon, M, Andrieu, E, Ouin A. et al. (2025). CODABEILLES: a reliable reference library of COI DNA barcodes for French wild bees monitoring (Apoidea: Anthophila). BMC Ecology and Evolution, 2025, 25 (1), pp.121. https://doi.org/10.1186/s12862-025-02429-0

Abstract:

In the Anthropocene, the decline of insect pollinators poses a significant threat to ecosystem services, particularly to wild bee populations essential for plant biodiversity and agricultural productivity. France, with 983 species, hosts one of the most diverse bee faunas in Europe, yet these species face growing pressures from habitat loss, climate change, and intensive agriculture. Addressing this crisis requires robust taxonomic frameworks and efficient species identification methods to support long-term monitoring initiatives such as the European Pollinator Monitoring Scheme, EU-PoMS. DNA barcoding, utilizing the COI-5P gene, has proven effective for species delineation and biodiversity monitoring, particularly in detecting cryptic diversity among genera with large numbers of species such as Andrena, Nomada or Lasioglossum. However, significant gaps remain in reference libraries, particularly for the species from the Mediterranean Basin. To bridge this gap, the CODABEILLES initiative was launched in 2021 to enhance barcode data for the French bee fauna. Initially, only 25% of species had barcodes from French voucher specimens, increasing to 62% when considering voucher specimens from other countries. By 2025, thanks to collaboration with sixteen specialists and institutions, CODABEILLES contributed 1477 reference barcodes, covering approximately 560 species and raising barcode coverage to 82%. When integrating data published under other initiatives over the same period the coverage reaches 94% of the French bee fauna. This dataset significantly enhances species identification accuracy and supports large-scale pollinator monitoring through metabarcoding and environmental DNA approaches. Despite the success of COI-5P barcoding, taxonomic inconsistencies persist, necessitating further integrative research. This study underscores the need for continued collaboration among taxonomists, molecular biologists, and conservationists to refine species classifications and ensure comprehensive reference databases. The improved barcode coverage provided by CODABEILLES paves the way for more accurate DNA-based monitoring of wild bee populations and their ecological interactions, crucial for guiding conservation strategies in the face of ongoing environmental change.

Résumé:

À l'ère de l'anthropocène, le déclin des insectes pollinisateurs représente une menace importante pour les services écosystémiques, en particulier pour les populations d'abeilles sauvages essentielles à la biodiversité végétale et à la productivité agricole. Avec 983 espèces, la France abrite l'une des faunes d'abeilles les plus diversifiées d'Europe, mais ces espèces sont confrontées à des pressions croissantes dues à la perte de leur habitat, au changement climatique et à l'agriculture intensive. Pour faire face à cette crise, il est nécessaire de disposer de cadres taxonomiques solides et de méthodes efficaces d'identification des espèces afin de soutenir les initiatives de surveillance à long terme telles que le programme européen de surveillance des pollinisateurs (EU-PoMS). Le barcoding ADN, qui utilise le gène COI-5P, s'est avéré efficace pour la délimitation des espèces et la surveillance de la biodiversité, en particulier pour détecter la diversité cryptique parmi les genres comptant un grand nombre d'espèces tels que Andrena, Nomada ou Lasioglossum. Cependant, il existe encore des lacunes importantes dans les bibliothèques de référence, en particulier pour les espèces du bassin méditerranéen. Afin de combler ces lacunes, l'initiative CODABEILLES a été lancée en 2021 afin d'améliorer les données de barcodes de référence pour la faune apicole française. Au départ, seules 25 % des espèces disposaient de séquences de référence provenant de spécimens français, ce chiffre passant à 62 % si l'on tient compte des spécimens provenant d'autres pays. En 2025, grâce à la collaboration de seize spécialistes et institutions, CODABEILLES a fourni 1 477 barcodes de référence, couvrant environ 560 espèces et portant la couverture des barcodes de référence à 82 %. En intégrant les données publiées dans le cadre d'autres initiatives au cours de la même période, la couverture atteint 94 % de la faune française. Cet ensemble de données améliore considérablement la précision de l'identification des espèces et facilite la surveillance à grande échelle des pollinisateurs grâce à des approches de métabarcoding et d'ADN environnemental. Malgré le succès barcoding COI-5P, des incohérences taxonomiques persistent, ce qui nécessite des recherches intégratives supplémentaires. Cette étude souligne la nécessité d'une collaboration continue entre les taxonomistes, les biologistes moléculaires et les défenseurs de l'environnement afin d'affiner les classifications des espèces et de garantir des bases de données de référence exhaustives. L'amélioration de la couverture des barcodes de référence fournie par CODABEILLES ouvre la voie à une surveillance plus précise, basée sur l'ADN, des populations d'abeilles sauvages et de leurs interactions écologiques, ce qui est crucial pour orienter les stratégies de conservation face aux changements environnementaux en cours.