L’écologie des paysages est la discipline centrale autour de laquelle s’organisent les activités de Dynafor. Elle est vue comme une science intégratrice des relations homme-nature. Les caractéristiques spatiales des milieux, dont il faut savoir rendre compte et analyser la dynamique et les déterminants, induisent des contraintes et des interactions sur les systèmes écologiques et sociaux-techniques, mais sont aussi le résultat d'une partie des processus au sein de ces systèmes.

Nous considérons le paysage comme le fruit d’une coévolution entre les systèmes sociaux et les systèmes écologiques à des échelles spatiales et temporelles multiples qui correspondent aux différents niveaux d'organisation des processus étudiés. Ils représentent une échelle à laquelle il est pertinent de comprendre et de modéliser les relations entre les activités humaines, les processus écologiques et plus largement l’environnement pour produire des références et des outils, comme des jeux d'indicateurs, pour l’aide au pilotage de différents processus.

Les processus étudiés concernent globalement le changement d’utilisation des terres dans les paysages, l’influence des pratiques de gestion agricole et forestière sur la biodiversité à différentes échelles, l’étude spécifique du rôle des lisières agriculture-forêt sur la biodiversité et les services rendus par la biodiversité à l’agriculture et à la foresterie.