Conception d'une base de barcodes ADN pour les abeilles sauvages de France métropolitaine

Par Héloïse Vallod (stagiaire Dynafor, master 2 Gestion de la Biodiversité à l'Université de Paul Sabatier Toulouse, stage de fin d'étude avec le projet CODABEILLE).

Le déclin des pollinisateurs observé depuis ce dernier siècle a entrainé la nécessité de mieux les connaître. A l’identification morphologique classique s’est ajoutée l’identification moléculaire, par la méthode du barcoding. Introduit par Hebert en 2003, cet outil taxonomique permet d’assigner à une espèce un code-barre génétique, situé au niveau du marqueur CO1-5P. Cette zone de l’ADN diffère entre les espèces, et permet donc une bonne discrimination (Galtier, 2009). Le projet CODABEILLES a pour but la conception d’une base de données de barcodes ADN pour les 970 espèces d’abeilles sauvages de France métropolitaine. Le projet, démarré en 2019, compte aujourd’hui 1676 spécimens collectés, qui représentent 621 espèces d’abeilles au sein de 6 familles taxonomiques. Une première analyse des 931 séquences reçues en 2022 a permis de mettre en évidence certains facteurs influençant le succès de séquençage (75 % de succès de séquençage global), notamment la famille taxonomique et la durée de conservation des spécimens. L’analyse des arbres de distance construits à partir des 647 séquences obtenues a montré qu’il y avait environ 8 % de potentiels problèmes d’identification, et la méthode du barcode gap a permis de valider une grande majorité des barcodes (73 %) tout en mettant en évidence l’existence de complexes d’espèces (6,6 %), c’est-à-dire des espèces avec un chevauchement entre les distances intraspécifiques et interspécifiques. Pour ces cas particuliers, l’usage du barcoding pourrait alors permettre, après réobservation des spécimens, de préciser les critères d’identification pour des espèces proches, voire de redéfinir les frontières entre espèces, et donc d’alimenter les connaissances taxonomiques de ce groupe diversifié.