DNA Barcoding et metabarcoding : description des méthodes et application à l’étude des réseaux de po

Par Magalie Pichon (UMR Dynafor). C’est en 2003 qu’Hebert et al., a décrit le DNA barcoding comme un outil de taxonomie moléculaire. La méthode est basée sur l’utilisation d’un fragment ciblé d’ADN génomique d’environ 100 à 500 paires de bases, le code barre-ADN, dont la variabilité nucléotidique forme une combinaison unique pour chaque espèce. Chaque code barre-ADN ou étiquette moléculaire associé à une espèce est stockée et répertoriée dans une base de référence. Couplée au barcoding, la méthode de metabarcoding s’est ensuite développée avec l’arrivée des séquenceurs de nouvelles générations (Next Generation Sequencing). Elle permet d’identifier simultanément, l’ensemble des espèces cont

Peer Community In : se réapproprier le processus de revue par les pairs

Par François Massol (UMR Evo-Eco-Paléo (EEP), CNRS Lille). Depuis maintenant trois ans, l'initiative Peer Community In (PCI) s'est développée de manière à mettre en place un système de revue des manuscrits déposés sur les archives de 'preprints' en accès libre. Au cours de cette présentation, j'exposerai les raisons ayant conduit à la création de PCI, son mode de fonctionnement, ses avantages et comment il est possible de vous impliquer pour la réussite de PCI comme alternative au système de publication traditionnel. Voir la vidéo

Les Journées de l'économie autrement à Dijon le 29 & 30 Novembre

Gilles Benest, biologiste, France Nature Environnement Marc Deconchat, directeur de recherche àl’INRA, président de Solagro Yann Laurans, directeur biodiversité à l’IDDRI Laurent Paris, hydro-écologue, responsable du Pôle environnement au Parc naturel régional du Morvan Animation : Antoine de Ravignan, rédacteur en chef adjoint à Alternatives Economiques. Disparition des insectes et des oiseaux, appauvrissement des sols, destruction de forêts primaires abritant de multiples variétés de plantes, etc. L’humanité est en train de détruire les bases mêmes de la vie, en général, et de la vie humaine en particulier. Que faire ? Antoine de Ravignan, spécialiste des questions agricoles et environn

Les failles de la compensation écologique

Par Nicolas Gouix (chargé de mission au CEN MP) Nicolas a fait une présentation sur la base de sa lecture de l’article Weissgerber et al. (2019) en y injectant des retours d’expériences sur leurs travaux au CEN. Puis un échange, discussion entre le conservatoire d'Espaces Naturels de Midi-Pyrénées et l'unité Dynafor s’est prolongé sur la base de l’article récent et de nos résultats respectifs sur ce sujet. Pour en savoir plus cf à l’article : Weissgerber, M.; Roturier, S.; Julliard, R.; Guillet, F. (2019). Biodiversity offsetting: Certainty of the net loss but uncertainty of the net gain. Biological Conservation. 237. 200-208. 10.1016/j.biocon.2019.06.036. Voir la vidéo

Les Haies, un projet artistique en progression dans le paysage

Par Joel Auxenfans (artiste indépendant) L'arrachage des haies depuis plus d'un demi-siècle a réduit le linéaire de cette typologie paysagère essentielle, la faisant passer de 2 millions de kilomètres à moins de 700 000, avec une perpétuation des arrachages malgré des replantations subventionnées. Ce sont principalement chez des agriculteurs qui par ailleurs abîment la biodiversité, la santé publique et les ressources par les épandages chimiques, que les aides servent à créer une carte postale mensongère alors que la pollution s'étend à grande échelle. C'est comme un tableau de paysage qui serait progressivement ruiné pour des objectifs purement quantitatifs et lucratifs, une sorte d'insensi

SAGEO 2019

Deux communications orales illustrant les travaux en télédétection forestière de l’unité DYNAFOR seront présentées à la conférence nationale SAGEO 2019 à Clermont-Ferrand du 13 au 15 novembre 2019. Pour en savoir plus, voilà la liste des 2 communications orales à venir: Nicolas Karasiak, Jean-François Dejoux, Claude Monteil and David Sheeren. Estimer l’apport de la phénologie dans la classification des essences forestières Yousra Hamrouni, Éric Paillassa, Véronique Chéret, Claude Monteil and David Sheeren. Cartographie à large échelle des peupleraies à partir de séries temporelles d’images Sentinel-2 Les actes sont en ligne ici : vous y retrouverez les articles rédigés respectivement par Nic

Evolution de base de données IBP avec son interface web et optimisation Git

Par Anthonin Clara (stagiaire de l’école d’ingénieur informatique EPITECH Toulouse ; UMR Dynafor). Je parlerai du projet de la base de données IBP (Indice de Biodiversité Potentielle) avec son interfaçage web, de ses ambitions ainsi que des modifications que j'ai pu y apporter. Ensuite, j'illustrerai le thème de la forge GitLab que j’utilise dans ce stage en informatique pour les 2 fonctionnalités suivantes (1) l'intégration continue des développements informatiques (2) l'organisation et au développement d'un projet. Enfin, je terminerai sur l'utilisation optimale et moderne de l'outil Git avec ses normes et conventions. Voir la vidéo

SIST 2019

Wilfried accompagné des collègues hors Inra, Emilie Lerigoleur (UMR Geode), Juliette Fabre (OSU OREME) et Julien Barde (UMR MARBEC) ont animé un atelier pratique ce matin intitulé « Générer automatiquement des fiches de métadonnées ISO19139 avec R » à l’occasion de SIST 2019. Cette 4ème édition du séminaire SIST (Séries Interopérables et Systèmes de Traitement) a lieu actuellement du 5 au 8 nov. 2019 Toulouse (France). Pour en savoir plus sur ce TP, voir ou revoir la vidéo YouTube du RDJ de Wilfried du 13/12/2018

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